Para que una web sea totalmente segura, libre de duplicados el servidor debe responder con un 200 a una sola página. Otras páginas pueden devolver 404 o 301.
Todo lo demás podría ser un problema para los buscadores por considerarse páginas duplicadas.
Una posible solución:
Para evitar la duplicidad de la página principal existe una sencilla solución. En realidad lo correcto sería redireccionar a “nuestro dominio” como URL válida.
Todas las páginas index.htm, index.asp, index.html, index.php, etc, tendrían que devolver un código 301 (redirección) o 404 (que no existe) para evitar las duplicidades.
En Apache existe una solución, pero para ello tenemos que modificar el fichero: .htaccess
Esto es un ejemplo de ayuda, debes de adaptarlo a tu web hasta que consigas un solo código 200.
El siguiente código redirecciona de “tudominio” a «www.tudominio.com»
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www.tudominio.com
RewriteRule (.*) http://www.tu dominio.com/$1