Por defecto, cuando se usa la función wp_enqueue_script, se añade el script en la sección head del documento HTML.
Lo más recomendable es cargar este framework javascript al final de nuestro tema y justo antes del cierre de la etiqueta body, de esta forma disminuimos la velocidad con que carga la página.
En este caso debemos usar el parámetro $in_footer de la función wp_register_script. Aquí tienes el código:
function mi_inicio() {
if(!is_admin()) {
wp_deregister_script('jquery');
wp_register_script('jquery', '/wp-includes/js/jquery/jquery.js', false, '1.3.2', true); //Si quieres usar la API de Google, cambia la función de arriba por la siguiente:
//wp_register_script('jquery','http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.3.2/jquery.min.js', false, '1.3.2', true); wp_enqueue_script('jquery');
}
}
add_action('init', 'mi_inicio');
Asegúrate de que ningún plugin cargue jQuery, para no crear conflictos.